鼻咽癌的组织学分类如下：
一、原位癌
原位癌是指癌细胞尚未冲破基底膜，原位癌细胞增生，呈花蕾状或钉突状突向上皮下时，在癌细胞与其下的粘膜固有层之间仍然有清楚的基底膜将之分隔。鼻咽原位癌的诊断主要依据细胞学的标准，其次考虑组织学的排列和结构。
因此，必须从严掌握诊断鼻咽原位癌的细胞学标准，即其间变图像务必达到众所公认的程度。原位癌细胞较之正常上皮细胞，核浆比例增大，即其核面积显著增大。
二、浸润癌
(一)微小浸润癌
微小浸润癌是指基底膜被癌细胞破环，但浸润范围未能超过光镜下400倍的一个视野。细胞形态较原位癌异型程度明显，穿过基底膜呈浸润性生长。
(二)鳞状细胞癌
虽然鼻咽癌大多起源于柱状上皮，但是大多数鼻咽癌却是鳞状细胞癌。根据癌细胞鳞状分化程度的高低，可以将鼻咽鳞状细胞癌分为高度、中度和低度分化三级。
a.高度分化的鳞状细胞癌：大部分癌组织中可见细胞间桥或角化者称为分化好的鳞状细胞癌，或角化鳞状细胞癌。癌巢内一般没有淋巴细胞浸润，有时也可见到个别散在的淋巴细胞。癌巢境界一般比较清楚，有时有完整的膜包绕。这型癌的问质多数是纤维组织型。伴有中性白细胞、淋巴细胞、浆细胞等浸润，但浆细胞一般不太多。
b.中度分化的鳞状细胞癌：是指在癌组织中见到清楚的细胞间桥和/或角化，不是个别存在而是有一定数量的鼻咽癌。无论是细胞内或细胞外角化的数量远较高度分化的鳞状细胞癌少得多。癌巢内有数量不等的淋巴细胞浸润，巢周有多少不一的浆细胞，间质改变的情况与低度分化的鳞状细胞癌类似，而与高度分化的鳞状细胞癌不同。
c.低度分化的鳞状细胞癌：光镜下也可见一定数量的癌细胞出现细胞间桥或细胞内角化，但是数量少。癌细胞核深染。核仁肥大，常带些嗜硷性的伊红染色。癌巢与间质的分界比较清楚，但也可与间质交错混杂在一起。癌巢中每有数量不等的淋巴细胞浸润，间质可以呈多种类型，即淋巴类细胞丰富浸润型、肉芽组织型、纤维化型和固有组织型等。无论是哪一类型的间质，每伴有数量不等的浆细胞浸润。
三、腺癌
鼻咽腺癌与鼻咽鳞状细胞癌比较起来极为少见，尤其是在鼻咽癌的高发区。按组织发生学观点，腺癌必须是发源于腺体者。
a.高度分化的腺癌：癌实质与间质分界清楚，癌巢较明显。有的癌细胞排列成腺泡状;有的排列成高柱状导管样结构;有的呈腺样囊性癌或筛状癌的结构;有的为单纯腺癌。
b.中分化腺癌：是指在癌组织中见到一定数量清楚的腺腔形成，但伴有部分未分化癌结构的腺癌，它们往往是上述高度分化腺癌进一步间变的结果，因此仍然保留部分高度分化腺癌的痕迹。
c.低分化的腺癌：癌组织中可见清楚的腺腔结构，数量极少。大部分癌组织呈未分化癌的结构。肿瘤细胞呈泡沫状泡浆，Alcian蓝染色为弱阴性。
四、泡状核细胞癌
大部分癌细胞核呈空泡状变的鼻咽癌即可称为泡状核细胞癌。由于它具有比较特殊的形态以及经放射治疗后预后较好，因此独立为一型。所谓核的空泡状变，是说核大而圆或椭圆或呈肥梭形。核面积是淋巴细胞核面积的三倍以上。
核内染色质较稀少，因而使核呈空泡状;染色质每不均等地粘附于核膜内面，因而使之厚薄不均，菲薄的地方甚至类似核膜缺损。诊断鼻咽泡状核细胞癌，必须在切片中找到75%以上的癌细胞核呈空泡状变。其余不到25%的癌细胞可以是低分化的鳞状细胞癌或未分化癌，将诊断泡状核细胞癌的标准定为具有75%以上的呈空泡状变的癌细胞，是因为如此才能显示它特有的生物学特性，即放射治疗后预后较好。
五、未分化癌
癌细胞分布较弥散，常与间质相混杂。细胞中等大小或偏小，短梭型、椭圆型或不规则型，脑浆少，略嗜碱性。核染色质增加，颗粒状或块状，有时可见核仁。
