具有典型尿路感染的临床表现和尿细菌学检查阳性者易于诊断，但不典型的尿路感染病例则容易误诊。造成误诊的主要原因是对本病的复杂性、多样性认识不足，未能及时进行实验室检查，或有时未准确了解实验室检查的意义。在临床上，不典型的尿路感染占有相当大的比例，因此，对于这类患者进行鉴别诊断是重要的。本病主要应与尿道综合征、肾结核、肾小球疾病、前列腺炎、尿路结石、发热性疾病、腹部器官炎症等鉴别。
(1)发热性疾病：有部分急性尿路感染的病人以发热为主症，尿路刺激症状不明显，易与发热性疾病，如流感、上呼吸道感染、疟疾、败血症等混淆。但若能详细洵问病情，不疏漏尿路感染的局部症状，并及时查尿沉渣，甚至作尿细菌学检查，则鉴别诊断不难。
(2)腹部器官炎症：有些尿路感染病例主要表现为腹痛、恶心、呕吐、发热、血白细胞数增高，易误诊为急性胃肠炎、阑尾炎、附件炎等，若能及时查尿，易于鉴别。
(3)尿道综合征：在有尿道症状的妇女中，约70%的患者有脓尿和细菌尿，为真性尿路感染，而另外30%的患者，不是真正的尿路感染，而属于尿道综合征。这类病例在临床上常常容易被误诊为尿路感染。
(4)尿路感染还应与肾结核、肾小球肾炎、前列腺炎等疾病鉴别，后面将有详细叙述。
尿路感染如何与前列腺炎相鉴别?
前列腺为男性生殖器官的一部分，位于尿道上部周围，在临床上，尿路感染与前列腺炎常具有共同的症状，如尿频、尿急、尿痛等。因此，男性患者若出现上述症状，应区别是前列腺炎还是尿路感染。二病的鉴别主要根据以下几点：
(1)症状：前列腺炎除有尿道刺激症状外，往往有尿终末滴沥，会阴部、阴茎及腰骶部不适或疼痛。
(2)直肠指诊：急性前列腺炎可见前列腺肿大，有饱满感及明显触痛。慢性前列腺炎的前列腺可正常，或较小，或较大，两侧叶不对称，表面也不平。前列腺液涂片，正常的前列腺液有极少数白细胞和很多卵磷脂，慢性前列腺炎时白细胞增多，卵磷脂减少。
(3)尿三杯试验：前列腺炎时，通常是第一杯出现有弧状碎屑及脓尿；第二杯清晰，第三杯混浊。
如何防止将尿路感染误诊为急腹症?
部分急性肾盂肾炎病人无明显尿路刺激症状，而以急性腹痛、发热、血白细胞升高、腹部局限性压痛等症状为主，临床上易误诊为急性阑尾炎、女性附件炎、急性胆道炎等。如何防止发生误诊?这就需要我们能详细询问病史。肾盂肾炎患者或多或少有尿路刺激症状，特别是如能及时作尿沉渣检查和细菌培养，则两者不难区别。
性病与尿路感染是不是一回事?
性病与尿路感染不是一回事。性病包括梅毒、淋病、软下疳、性病性淋巴肉芽肿、艾滋病、生殖器疱疹、尖锐湿疣等20多种疾病。顾名思义，性病主要是通过性行为传播，包括性交、接吻和拥抱等，其中95%是通过性交途径传播的。性交时，生殖器处于充血状态，因摩擦造成的细微损伤，都可为性病病原体的入侵创造条件。此外，接触性病患者用过的衣服、被褥、物品、用具、便器、马桶、浴巾等也可造成传染；输了潜伏期无症状性病患者的血可导致患病；孕妇患有性病时，病原体可通过胎盘传染给胎儿，包括梅毒、艾滋病等；当胎儿通过感染性病的产道时也可传染上性病，导致新生儿性病，如淋病、生殖器疱疹、尖锐湿疣等。上述传播途径中，主要以直接性接触为主，只要不乱搞性关系，一般人际交往接触的方式，是不会得性病的。所以，在平时生活中，既要洁身自爱，也不必过分担忧。
诚然，有些性病，例如淋病，患者也有尿道炎，常有尿频、尿急、尿痛甚至血尿等症状，如病人抵抗力低，又未经及时治疗，也可出现发热、头痛、全身乏力、食欲不振等全身症状，易与一般尿路感染相混淆。如有不洁性交史者，应及时到医院就诊，且要真实向医生介绍病史病情，千万不能讳疾忌医或隐瞒病情，也不能乱找江湖游医而上当受骗，贻误病情。如夫妻中一方得了性病，应禁止性交。亲属中有人得了性病，应该将衣裤、用品、浴盆、被褥等生活用具分开，避免相互传染，同时应给予患者谅解、帮助，绝不能持歧视态度。
