真菌性尿路感染如能早期诊断，及时治疗，则疗效较好。治疗和控制原发病并祛除医源性因素，停用抗生素，可促进真菌性尿路感染的痊愈，甚至部分病例可自愈。治疗包括一般治疗和使用抗真菌药物。
一般治疗应注意以下几点：
(1)祛除基础病因：积极治疗原发病，祛除易感因素，提高机体抵抗力很重要，特别是癌症患者，Brown指出很多癌症患者的死亡与霉菌感染有关。
(2)正确使用抗生素：滥用抗生素，特别是广谱抗生素，是近几年真菌感染增多的一个诱因，故强调正确使用抗生素。在使用广谱抗生素治疗期间发生真菌感染，应予停用。如尿路真菌感染合并其他器官的细菌感染，其治疗方针则根据其具体病例而定，有时需要联合用药。
(3)碱化尿液：念珠菌生长的适宜pH值为5.1～6.4，正常时尿液呈酸性有利于其生长，而在碱性尿液中受抑制，故碱化尿液治疗很重要。碱化尿液一般采用口服小苏打片或10%枸橼酸钾合剂，或用2%～3%碳酸氢钠溶液滴注膀胱。
可使用的抗真菌药物有二性霉素B、咪康唑、氟康唑、氟胞嘧啶、大蒜注射液等，给药途径包括局部及全身应用，现具体介绍如下：
(1)二性霉素B：全身用药可每日用0.2～1mg/kg加入5%葡萄糖500mL中静脉滴注，局部可用50mg加入注射用生理盐水100mL作膀胱灌洗。本药可单独使用或与氟胞嘧啶或大蒜注射液合用，但由于本药有肾毒性，局部应用亦有不适感，甚至疼痛，目前已较少应用。
(2)咪康唑：为目前疗效较好、副作用较少的抗真菌药，全身用药每日用0.4～1.2g，加入 500mL葡萄糖或葡萄糖盐水静滴4～6周；局部应用可用20～200mg加入100～200mL生理盐水或 1∶5000呋喃西林液中膀胱内灌洗，每日2～4次；病情严重者可全身与局部同时用药。本药不宜与其他全身性抗真菌药同时应用，长期全身用药者要定期复查肝功。
(3)氟康唑：目前认为氟康唑为治疗尿路真菌感染较理想的药物。口服每次50～100mg，每日 2～3次。静脉滴注每日用100～400mg。
(4)氟胞嘧啶：每日50～150mg/kg，口服或静滴，疗效不及上三种药物。
(5)大蒜注射液：20%大蒜注射液200mL加入葡萄糖液中静滴，每日1～2次，有一定疗效。
