慢性骨髓炎的发病机理，急性期的症状消失后，一般情况好转，但病变持续，转为慢性期。由于死骨形成，较大死骨不能被吸收，成为异物及细菌的病灶，引起周围炎性反应及新骨增生，形成包壳，故骨质增厚粗糙。如形成窦道，常经年不愈。如引流不畅，可引起全身症状。
如细菌毒力较小，或机体抵抗力较强，脓肿被包围在骨质内，呈局限性骨内脓肿，称布劳德氏脓肿。常发生在胫骨上下端，起病时一般无明显症状，仅于数月或数年后第一次发作时才有局部红肿和疼痛。
如病变部骨质有较广泛增生，使髓腔消失，循环较差，发生坚实性弥散性骨髓炎，称加利氏骨髓炎。最常发生在股骨和胫骨，以间歇疼痛为主。
慢性骨髓炎也属于化脓性骨髓炎，是化脓性骨髓炎的慢性病程期。多由于急性骨髓炎没有正确治疗和不彻底治疗，而转变为慢性骨髓炎。也可由于化脓性骨髓炎患者抗菌力强，细菌致病力低，而易形成局部亚急性或慢性病灶;或开放性骨折未能早期正确处理而转为慢性，当急性骨髓炎炎症消退后，若留有死骨，窦道或死腔，即为慢性骨髓炎，也是本病的主要特点，慢性骨髓炎患者若脓液得不到引流或病人抵抗力下降时，急性炎症即可反复发作，久之影响生长发育，可引起骨及关节畸形、骨折等其它病变。
原因1.在急性期未能及时和适当治疗，有大量死骨形成。
原因2.有死骨或弹片等异物和死腔的存在。
原因3.局部广泛疤痕组织及窦道形成，循环不佳，利于细菌生长，而抗菌药物又不能达到。
