慢性化脓性骨髓炎多为急性骨髓炎治疗不当或延误诊断而致。其主要特点为窦道、死腔和死骨的形成。急性骨髓炎因感染未能及时控制而产生大量的死骨。
虽脓液穿破皮肤得以引流，局部症状得以缓解，但死骨并不能完全排出。新形成的骨包壳及纤维组织将死骨及感染的组织包裹起来形成死腔。死腔内的脓液不能彻底地排出，死腔内的死骨由于局部血液供应差而不能被完全吸收。
当病人抵抗力下降时，局部的炎症可以急性发作，形成大量脓液，当脓液再次穿破皮肤引流后，炎症又可以消退。慢性化脓性骨髓炎可多次反复发作，每次发作均可形成新的死腔和死骨，使得死腔和窦道更加复杂。由于局部长期缺乏血液供应及炎症反复刺激，可以导致局部骨质增生硬化。
