如局部血运良好，即使有感染，机体对细菌具有防御功能，炎症也能迅速消退。投入的抗生素也容易达到骨病灶部而发挥效力。慢性骨髓炎的病理特征，就是局部缺乏血运，因此，抗生素不能彻底治疗炎症。虽然抗生素的临床应用，对急性骨髓炎的治疗非常有效，但无论是口服或静脉注射抗生素，对慢性骨髓炎就不那么明显。由于慢性骨髓炎骨组织病灶破坏，坏死，周围组织瘢痕，局部血运缺乏，抗生素不能到达病灶，这是骨 髓炎难治的原因。因此，必须通过手术清除病灶，改善局部血运，才能使抗生素发挥效力。
1.从瘘孔或手术创口内组织行细菌培养，确定细菌种类及细菌敏感性.一般用青霉素族、头孢霉素族及氨基 糖甙类抗生素。最近MA耐药菌有不断增加的趋势，不得已也选用四环素族。但致病菌不能确定的病例不少，如不能培养出细菌，就按照耐药菌用药。值得注意的是，弱毒菌感染也有增加的趋势。
多种抗生素并用，及广谱抗生素大量应用，确有协同作用，但考虑到副作用及耐药菌的增加，尽可能避免多组并用，如要并用最好是 选择具有杀菌作用的抗生素。一般认为抗生素到达骨的浓度低，所以应选择透骨吸收较好的抗生素。
术后应用抗生素4-6周，慢性骨髓炎在术后应用抗生素6周后，一般血沉,CRP,血细胞已正常化，如果反复再发瘘孔持续存在，也不能漫无边际的投入抗生素。应细心研究创口不闭合的原因，决定再次手术。抗生素的局部使用，必须和手术结合才有效。持续冲洗及庆大霉素、先锋霉素、中药链珠均有效，原因是局部高浓度的抗生素。术中创面也应撒入抗生素。有时从洗净管间断注入抗生素，但注射时，应注意逆行感染。
