病原菌以金黄色葡萄球菌为最多见(占80～90%)，其次为链球菌和大肠杆菌。肺炎双球菌，伤寒杆菌等则少见。一般进入骨骼途径有三：
骨骼附近软组织感染扩散引起，如脓性指头炎，若不及时治疗，可以引起指骨骨髓炎。
骨髓炎的发生必须具备二个条件，即外在因素和内在因素同时存在。高度感染力的细菌侵入人体是外在因素，全身或局部骨骼的抗菌力降低是内在因素。以血源性化脓性骨髓炎为例说明其发生过程。
在正常人的血液里有时有少数细菌侵入，但由于机体抵抗力而被消灭，如在机体抵抗力降低，并有感染病灶时，细菌可从病灶进入血液，机体未能将其全部消灭，细菌随循环可侵入骨骼。
是否发生感染，要看当时机体对感染的敏感性，局部的抵抗力等条件决定。从解剖学上看，在长骨干骺端有很多的终末小动脉，循环丰富，血流较慢，利于细菌繁殖。细菌积聚愈多，毒力愈大，则消灭愈难，发生骨髓炎的机会也就增加。
有的细菌如葡萄球菌，常积聚成团，在细小动脉内可形成栓塞，使该血管的末端阻塞，使局部组织坏死，利于细菌生长和感染的发生。临床上骨髓炎的发生常和外伤(扭伤、挫伤等)有关，局部损伤常为诱因，有利于细菌生长。
