骨髓炎的发病原因不止一种，但是发病机理都是因为骨组织受到了细菌感染，产生了骨组织炎症，细菌在骨组织内不能被消灭，得以持续繁殖，逐渐恶化，致使骨组织感染程度越来越严重，最终不得不截肢来处理。所以，骨髓炎难治的症结在于骨组织内的细菌不能被消灭，持续繁殖逐渐恶化而导致最终结果。
人类自身既有免疫能力，在医学如此发达，抗生素如此普遍的今天为什么仍然难以治疗骨髓炎呢?人类机体自身就有抗菌消炎的能力，血液中含有大量的免疫细胞。骨髓炎患者的坏骨、死骨中已经没有血液循环，人体血液中的免疫细胞就不能对细菌发生作用。
在骨组织健康正常的情况时，骨组织即使有少量细菌，也会被血液中的免疫细胞杀死或者被带到其他组织进行消灭。但是骨髓炎患者骨组织已经没有血液运行，所以人体自身的免疫能力也就失去了作用。
针对骨髓炎患者盲目用药，效果也不会明显，因为无论任何药物想要对人体发生作用，必须通过载体将药物有效成分运输至病灶处。骨髓炎患者病灶部位的骨组织已经没有血液循环，没有血液循环药物就无法通过血液到达患处，所以无论，服用多么好的药品都无法产生作用。这就是为什么医学也如此发达、抗菌药物抗生素如此多的的今天，仍然消灭不了骨组织内的细菌!
