治疗念珠菌病时应去除一切不利因素，补充必要的营养和维生素，特别是核黄素。
皮肤或粘膜上的损害，可用2%龙胆紫溶液或制霉菌素溶液；皮肤上的损害可用1%～2%克霉唑霜、咪康唑霜或益康唑霜；阴道损害可用制霉菌素阴道栓剂；支气管病变可以用制霉菌素喷雾治疗；内脏或系统感染者可用二性霉素B、庐山霉素、球红霉素等静滴或以克霉唑、益康唑、咪康唑、酮康唑及5-氟胞嘧啶内服治疗。
中医学认为本病多由心脾二经之热上攻，婴儿则由胎热蕴蓄，或因虚火上炎，火热结聚，熏蒸于口所致。故治宜清热泻火法，口服牛黄解毒丸或龙胆泻肝丸等。外用药如冰硼散：冰片1.5g，朱砂1.8g，玄明粉15g，硼砂15g。研极细末，吹搽患处，重者每日搽五六次效佳。此外还可用2%白矾水含漱或槟榔烧枯研末外用。
鹅口疮患者应注意口腔卫生，经常用温开水或淡盐水漱口。哺乳期间要注意母乳卫生，哺乳用具尽可能煮沸消毒。
