肾囊肿的病因尚不清楚，可能为肾实质缺血所致。肾囊肿属于良性肿瘤，有人将其归入肾囊性疾病。在肾囊性疾病中，单纯性肾囊肿最为常见，其包括右肾囊肿和左肾囊肿。在50岁以上的人群中发病率超过50％。一般为单侧单发，也有多发或多极性者，双侧发生少见。
单侧和单个肾囊肿相对无害，临床上常被忽视。任何年龄均可发生，但2/3以上见于60岁以上的人，被认为是老年病。囊肿自肾实质产生，突出肾皮质表面，外观呈蓝色，但也可位于肾皮质深层或髓质。囊壁薄，为单层扁平上皮，囊内含清亮浆液性液体。囊壁厚而不光滑，液体为血性者，提示有恶变的可能，恶变率为3％～7％。位于下极的巨大肾囊肿，可压迫输尿管引起梗阻、积液和感染。本病的发生原因尚不完全清楚，可能与先天性肾小球、肾小管结构异常和后天性损伤感染有关。
总结历史文献，并结合肾囊肿的临床特点，相关专家认为，肾囊肿发病与肾精亏虚、气血不畅，痰浊内生，脉络淤阻有关，单纯的手术治疗治标不治本，不能从根本上抑制囊肿的增大，因此最好应用中西医结合治疗，通过活血通络、祛瘀清除等作用，使肾囊肿自然缩小。
