肾囊肿有两种。第一种是肾脏内发生单独一个充满液体的囊，发生的原因不明。这种囊肿经过数年发展，慢慢地长大，但不可能造成问题，除非囊壁上发生癌变。单一囊肿的情形很少发生。另一种囊肿是一种遗传性疾病，名叫多囊肾。患多囊肾病时，两侧肾脏都会发生许多大小不同的囊肿。多囊肾病通常不具破坏性，不会造成严重的问题。
无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、造成疼痛，或者如果发现囊肿是恶性的，你往往需要接受外科治疗，将病变的肾脏切除。切除一只肾脏通常算是一种简单的手术，只剩下一只肾脏的人们能过正常而健康的生活。因为，一只健全的肾脏可轻易地负担起两只肾脏的工作。
多囊肾病并无特别的治疗法。如果在囊肿早期就被发觉，并从此接受定期检查或医疗检查，医生也许能够以治疗慢性肾衰竭的同样方法，延缓肾脏的进行性损害。
