中药治疗肾囊肿最适合囊肿较多，较小的早期肾囊肿患者，其中包括不适合囊肿穿刺或手术等治疗的囊肿。肾囊肿西医输液或口服药物较少，且效果较差，因此，针对囊肿治疗，大多采用中药保守治疗，来缩小囊肿或延缓囊肿的发展。相关专家总结了中药治疗肾囊肿的一般原则如下：
（1）扶正固本：肾囊肿早期无明显临床症状，或时有腰部不适，早期偏肾阳虚者补肾壮阳，偏肾阴虚者滋阴补肾。
（2）理气活血：由于水湿瘀积肾内，可阻碍气机，导致气滞血瘀，气血水互结为患，故用中药治疗肾囊肿时应注意理气活血。有血尿者清热止血；腰部瘀块明显者，活血化瘀止痛；腹痛发热者，清热解毒，活血化瘀。
（3）标本兼顾：肾囊肿发展至后期，浊毒内停而成关格重症，故有湿浊者应利湿化浊；有水气者，应利水行气。总之，治疗应标本兼顾，固本有滋阴、益气、补肾、健脾等法，治标包括清热、利湿、活血、化瘀、平肝熄风等法。
