目前医学上还没有治疗肾囊肿的特效方法。对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至1年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。
肾囊肿可随年龄的增大而长大，可引起相应的症状，如腰疼，血尿等。较大囊肿长期压迫肾脏，还可造成肾脏不可逆的损害。肾囊肿的介入治疗方法基本和肝囊肿相同，不影响肾脏功能。
超声介入治疗是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。其特点是无创伤、无出血、无痛苦、安全、疗效好、操作方便快捷、随治随走、费用低。
由于感染是本病恶化的重要原因，所以不在十分必要时，不要进行尿路创伤性检查。肾囊肿穿刺作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经观察也不能延缓肾功能损坏的发生。手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。如果是双侧多囊肾，则需要移植一个健康肾脏，再切掉两个多囊肾。医学发展至今，这可能是治疗严重多囊肾的最好方法。
