手术治疗腰椎间盘突出症也像其它的治疗方法一样，疗效难以达到百分之百。据统计，初次手术失败率高达成协15%。手术治疗失败的原因是多方面的，有病情的特殊性;有诊断水平的影响;有手术适应症的选择不当;最主要的是手术过程中判断和操作的失误。综合归纳起来大概有以下原因：
1.手术适应症选择不当：严格地掌握手术指征及手术时机是保证腰椎间盘突出症手术治疗成功的关键。
2.定位错误遗漏了突出间隙：有的患者有多间隙椎间盘突出，在手术过程中只摘除了1个间隙，或者术前对病变椎间隙定位有误，术后疗效肯定不会好。因此，术前一定要定位准确，对有两支神经根以下受损的症状与体征者要加以重视，尤其是有移行椎的患者，仔细分析判断。
3.遗漏极外侧型椎间盘突出：手术时由于开窗偏小或偏内侧而遗漏侧隐窝中的突出物，因此，在预定间隙开窗探查时，如间隙外侧疼痛较重，应敞开侧隐窝，沿硬膜囊腹外侧辨认神经根的起始部，突出物多位于神经根的前外侧，位于内下方者较少，若此处发现突出物，则应轻轻牵动神经根，观察其松动度，以排除神经根在椎间孔处受压。
4.腰椎间盘突出症合并腰椎管狭窄：如果在手术中单纯摘除突出的间盘，日后就会有1/3以上的患者因椎管狭窄的存在而症状难以缓解或缓解后又加重。因此，手术中对伴有椎管狭窄的患者应同时做神经根管的扩大术，消除椎管狭窄造成的影响。
5.髓核摘除不充分是导致手术效果不满意的一个重要因素：不成熟的髓核常常是导致髓核残留的因素。对较成熟或较大的髓核及变性的间盘组织应细心地予以摘除，特别是在椎静脉丛出血较多时，最好应用明胶海绵止血后再摘除髓核，切不可含糊地钳夹，草草终止手术。
6.手术后继发神经根及硬膜外粘连：术后硬膜外及神经根周围的纤维化，是腰椎间盘突出症术后疗效欠佳的另一原因。手术创口内遗留的髓核及变性间盘组织、碎屑、止血不彻底等均可加重粘连，引起症状。
7.隐匿型腰椎间盘突出症：有人提出，有的患者站立时椎间盘突出，症状明显，卧床后椎间盘回缩，故术中难以寻找突出物。
8.神经根损伤：神经根可有过度牵拉或切割、撕裂造成不可逆损伤，遗留严重后果。
9.硬脊膜损伤：硬脊膜损伤未细致修复，可形成脑脊膜瘘或囊肿。
10.手术后腰椎不稳：腰椎小关节在腰椎运动中起着重要的作用，小关节切除可引起术后腰椎不稳，是术后腰痛、功能难以恢复的主要原因，双侧切除还可引起腰椎滑脱及后凸畸型的危险。
