强直性脊柱炎应与机械性腰痛、弥漫性特发性骨质增生症鉴别。早期，尤以外周关节炎为首发症状者应与类风湿关节炎鉴别。还应与其他脊柱关节病鉴别。
幼年型强直性脊柱炎发病时腰、背痛等中轴关节症状少见。由于骨骼发育不成熟，骨盆片对早期骶髂关节炎诊断的帮助不大。脊柱强直更是发生于关节炎、附着点病等出现多年以后。实际上多为回顾性诊断，应与幼年类风湿关节炎、幼年红斑狼疮鉴别。
晚起病的强直性脊柱炎起病时脊柱症状轻或缺如，发生关节炎关节数目少且轻，血沉增快，可有下肢凹陷性水肿，应与血清阴性滑膜炎鉴别。后者常见于50岁以后人群，但预后良好。晚起病的强直性脊柱炎，则数年后出现骶髂关节炎和脊柱受累，且非甾体抗炎药疗效不佳。
