CT检查是强直性脊柱炎患者进行实验室检查时一项重要的内容，与X线检查相比，CT检查具有分辨力高、抗干扰强，且能发现骶髂关节的早期病变，有利于对病症进行早期的诊断和较准确的定级。
骶髂关节CT表现：髂骨面病变出现率显著高于骶骨面，韧带部异常征象出现较晚。CT主要表现为骶髂关节间隙宽度异常，髂骨面骨皮质厚薄不均匀，关节面模糊不清，局灶性或弥漫性脱钙，关节前缘关节旁有不同程度斑块状/弥漫性骨质增生硬化，骨质边缘侵蚀呈毛刷状或锯齿状，软骨下囊变，骨皮质中断。晚期骶髂关节呈骨性强直，骨质多脱钙稀疏，韧带部侵蚀和囊变常见。有学者参照X线骶髂关节炎的分级对CT骶髂关节炎也进行分级。
CT检查将骶髂关节分为五个级别，分别是：①0级：正常。②1 级：可疑变化。骨质密度稍减低，关节腔积液，骨关节附着的肌腱、韧带、关节囊等软组织肿胀、肥厚。③2级：轻度异常。骶髂关节面中下2/3局部斑片状脱钙和硬化(骨皮质密度稍减低或稍增高)，边缘毛糙模糊，邻近关节面皮质下的骨松质密度稍减低或增高呈毛玻璃样，可有微小囊变。关节间隙尚清晰，宽度在正常范围。病变主要在髂骨面。④3级：明显异常。软骨下严重骨质侵蚀，破坏呈毛刷状或锯齿状或虫噬样，骨质明显不规则增生硬化，常为弥漫性，边缘模糊、脱钙和囊变，全部关节间隙呈不规则狭窄和/或宽窄不均并变模糊，个别有部分强直。⑤4级：严重异常，完全性关节强直。
脊柱CT表现：椎体及小关节皮质密度增高、变厚，骨赘形成;骨松质密度减低;小关节间隙消失呈骨性融合，小关节囊骨化，椎旁韧带骨化形成骨桥，脊柱呈“竹节”样是本病的终末期表现。
CT对Ⅰ～Ⅲ级骶髂关节炎的诊断常比X线平片敏感一个级别。CT既可明确，亦可排除X线平片的可疑诊断，重复性强，随访复查较准确。但CT检查也有不尽人意之处，如不能显示软骨、关节旁骨髓脂肪堆积等软骨下骨板侵蚀和硬化前的改变。即使在常规应用CT的年代，强直性脊柱炎诊断的平均病程也达6.5年，提示CT诊断早期骶髂关节炎的能力也是有限的。
