对已确诊的幼年强直性脊柱炎患者，检查HLA-B27有助于判定病情严重性及预后。因为HLA-B27阳性者病情往往较重，出现慢性背痛、骶髂关节炎、皮肤粘膜病变以及发热，体重下降与多汗等全身症状较多见，而HLA-B27阴性者发病年龄一般较晚，较少发生前面提到的关节外表现等。
HLA-B27检查，对早期幼年强直性脊柱炎患者及对临床表现不典型者的诊断意义较大。因为约82～95％的幼年强直性脊柱炎患者为HLA-B27阳性。HLA-B27阳性者患幼年强直性脊柱炎的相对危险度，是HLA-B27阴性者的100倍以上。因此检查HLA-B27对本病的诊断与鉴别诊断很有帮助。
最近发现，出现心脏及眼受累的幼年强直性脊柱炎患者90％以上为HLA-B27阳性，HLA-B27阴性者少有发生。因此有人把幼年强直性脊柱炎的心脏与眼病变(主要指主动脉 瓣关闭不全、严重的心脏房室传导阻滞以及眼虹膜睫状体炎等)称为HLA-B27相关性疾病。
