早期为下腰部疼痛、僵硬(尤其是晨僵感)，亦可出现交替性非典型性的坐骨神经痛，下蹲和腰部运动受限。绝大多数患者先骶骼关节受累，以后呈上行性发展，直至整个脊柱僵硬。同时可伴有消瘦、乏力、盗汗和原因不明的发热等全身症状。
到中晚期，以脊柱病变为主，强直性脊柱炎的发展分上行型和下行型两种。多数为上行型。90%以上的病人由骶髂关节开始，沿腰椎、胸椎、颈椎依次向上发展;少数为下行性，大约有6%的病人由颈椎、胸椎下行至腰椎和骶髂。骶髂关节炎的临床症状特点：可表现为腰部或腰骶部的疼痛，伴有僵硬感，呈间歇性和反复发作，症状持续时间或间歇时间不等。 检查可出现骶髂关节的压痛和叩击痛，骨盆分离试验和挤压试验阳性。
腰椎病变特点：腰背疼，腰部前屈、后挺、侧弯和转动均可受限，双手触地距离明显增大，晚期病变腰椎正常的生理弯度消失呈平板状， 由于椎旁肌痉挛而呈腰椎正中凹陷两侧条状隆起，触之僵硬，也可出现腰肌萎缩。胸椎病变特点：背痛、前胸和协肋疼痛，胸廓扩张受限，病人可出现腹式呼吸和呼吸差小于2.5厘米，肺功能可表现为限制性通气障碍。
强直性脊柱炎晚期可出现胸椎前屈而呈驼背畸形。颈椎病变特点：颈椎疼痛，并可向头后及上肢放射，颈部强直和活动受限，低头仰头、转动的功能受限，回头时须连同身体一起转动，此乃颈部的强直所致 。检查可发现患者的颌柄距离距离增大，严重的也可呈头部和背部的重度前屈畸形，患者不能平视前方，仅可看到自己脚面。强直性脊柱炎晚期，脊柱各个关节均已强直固定，在X线片上脊柱呈竹节样变，这时疼痛已不明显，而活动困难和关节的僵硬则为病人的主要痛苦。
