一旦作出泌尿系感染的诊断，一个基本的治疗计划取决于几个因素。它是首次感染，还是反复感染？是否有抗生素过敏问题存在？是否还有尚未发现的过敏之外的副作用？细菌类型是什么？药物敏感性如何？最后，感染是局限于膀胱，还是已蔓延到肾脏？一般来讲，单凭症状，还很难作出决断，如果一位妇女具有腹侧部疼痛，高烧，寒战及尿痛等症状时，可能具有上泌尿道感染。具有上泌尿道感染的妇女，往往没有既往史。
如果医生怀疑感染只限于泌尿系下段，即没有高烧，寒战，腹胁痛，症状发作时间也短，也无近来未予治疗的感染，那么就可以采取单剂量治疗。大量研究结果表明，一次性大剂量抗生素治疗，对大多数局限于膀胱的泌尿系感染是有效的。但这一方法，不能用于妊娠妇女、男子、或具有复杂的潜在疾病的病人，如糖尿病或肾结石等。然而，如果不存在这些问题，就可放心用药。如果有上泌尿系感染，则要严格用药１０－１４天。当遇到频繁发作的感染时，则需要判断是感染的复发呢，还是再次感染？再次感染是新近获得的，常与性交有关，每次常有不同的细菌类型，它们一般对大多数抗生素是敏感的。这些感染多限于膀胱，对多种治疗的反应良好。８０％的反复发作的与性交有关的泌尿系感染，是重新感染。然而，复发感染是因为它是隐伏于肾脏的一种感染，通常的抗生素疗程往往不能使它斩草除根。引起这种感染的细菌，往往是先前感染中所见到过的相同类型，对它们往往难于控制。提示复发感染的线索是发病时间：病人的复发感染多发生在上次治疗的三周之内；而再次感染的间隔时间，一般都要更长些。
复发感染和重新感染这两种类型的反复发作的治疗是完全不同的。重新感染的治疗是相对简单的，只需短期的抗生素治疗，而复发感染，常需要６周或更长的时间，才能治愈。此外，抗生素可以予防再次感染，而治愈复发感染则需更大剂量的长时间的抗生素。
