扁平疣的病原体为人类乳头瘤病毒（HPV），它能使上皮增殖过度而引起疣。有70种以上的基因型被证实与特定的疣相关，某些基因型与癌症的发生密切相关。
对疣的治疗目前有较多的方法进行选择，但疗效均不太理想，复发率较高：冷冻疗法、热疗法和CO2激光治疗法的原理不同，对疣的数目很少的患者，一般先冷冻疣体，热疗法和激光疗法是基于热破坏疣的原理。这些方法只能除去能看得见的疣体，无法除去看不见的病毒。应此对于这种疾病的根治还在于有效的抗病毒治疗，到为止尚未发现具有疗效肯定的HPV的化学药物，一般常用的药物包括5-氟尿嘧啶、鬼臼毒素、二氯醋酸和三氯醋酸等。有一定疗效的口服药物有免疫调节剂、阿昔洛韦维、A酸类、甲腈咪胍等。用干扰素（IFN）治疗疣的研究最广，它可单用或联用其他疗法，也可用IFN注入疣体内。
