肾结石应与以下疾病相鉴别：
1．急性胆绞痛表现突然发作的右上腹疼痛，易与右侧肾绞痛相混淆。但有右上腹局限性压痛、反跳痛及腹肌紧张，肝区明显叩击痛，可触及肿大的胆囊，墨菲氏征（Murphy's sign）阳性；尿液常规检查无异常发现。
2．急性阑尾炎表现右下腹疼痛，须与肾绞痛时下腹部的放射痛相鉴别。但可伴发热，其压痛部位局限，常于右下腹麦氏点压痛，反跳痛及腹肌紧张，罗符辛氏征（Ro-Vsing's sign）阳性；尿液检查一般无异常发现；尿路平片无结石影像；放射性核素肾图和肾超声检查也无结石征象。
3．肾盂肾炎可表现腰痛及血尿症状。但多见于女性，无发作性疼痛或活动后疼痛加重的病史；尿液检查可发现多量蛋白、脓细胞及其管型；尿路平片肾区无结石影像；超声捡查无强回声光点及声影。
4．肾结核
可表现血尿及病肾钙化灶。但有明显的膀胱刺激症状，多为终末血尿；尿路平片上钙化影像分布于肾实质，呈不规则斑片状，密度不均匀。
5．肾细胞癌表现为腰痛、血尿，尿路平片亦可出现钙化影像，有时与本病混淆。但为无痛性肉眼血尿，常混有血块；尿路平片上钙化局限于肿瘤区，呈大小不等的斑点状或螺旋状；尿路造影示肾盂肾盏受压．变形、移位或缺失。
6．肾动脉瘤
尿路平片也可出现钙化影像。但其位于肾门周围，呈花圈样钙化；有血压升高表现；肾动脉造影显示扩张的动脉瘤影像。
7．海绵肾
尿路平片可出现钙化影像。但其为多发的小结石，位于锥体囊性扩张的乳头管和集合管内，呈簇状或放射状排列；静脉尿路造影可见肾小盏周围多发梭形小囊，呈葡萄串样排列，病变多为双侧。
8．腹腔内淋巴结钙化若位于肾区，可误认为本病。但钙化一般为多发、散在，很少局限于肾区，其密度不均匀呈斑点状；尿路造影肾盂肾盏形态正常，侧位片位于肾区阴影之外。
9．肾盂肿瘤
尿路造影肾盂表现充盈缺损，须与阴性结石鉴别。但其为不规则形；有严重的无痛性肉眼血尿；超声波检查可见肾盂或肾盏光点分离，在肾盂或肾盏中出现低回声区，轮廓不整齐；尿中可查及瘤细胞。
1 0．肾盂血块 在尿路造影片上也表现不规则的充盈缺损。可在2-3周后复查．充盈缺损可见缩小或消失。
