肾结石手术治疗是为了彻底取净结石，如果行手术后还有残余的结石，则其会很快又生长增大。手术指征是相对的，一般认为直径大于1．0cm的结石自排的机会较小，特别是常见的草酸钙结石，因表面不光滑，难以排出。手术治疗包括：
1、肾盂或肾窦切开取石：其方法的优点是出血少，而且并发症也少，通常对于单个肾结石疗效最好。有多数小结石在肾盂内时可采用凝块法肾盂切开取石术。
2、肾部分切除：如果多发结石集中于肾一极难以取净时，则可以采用肾一极的部分切除术。
3、肾切除术：只有在肾严重破坏的鹿角状或有大量结石合并严重肾积水或肾积脓，并且另一个肾正常时，才会考虑行肾切除术。
近年来因肾结石而行肾切除术的已经逐渐减少。如果出现一侧肾结石而对侧输尿管结石时，则应该先做梗阻严重的输尿管取石术。如果双侧肾结石都要手术时，如总肾功能尚好时，应该先做梗阻严重的一侧；若总肾功能不好，必须先选择肾功能比较好的一侧。如结石难以除去，病人的病情严重，还可经膀胱镜行输尿管插管，进入肾盂作引流或先做肾造口术。对于有原发尿路梗阻的肾结石，例如合并肾盂输尿管联接处狭窄的，在取石的同时需做肾盂成型术以矫正梗阻。对有原发性甲状旁腺功能亢进的肾结石患者，应先做甲状旁腺手术，术后有的肾结石可自行溶解。
