肾囊肿有两种。第一种是肾脏内发生单独一个充满液体的囊，发生的原因不明。这种囊肿经过数年发展，慢慢地长大，但不可能造成问题，除非囊壁上发生癌变。单一囊肿的情形很少发生。另一种囊肿是一种遗传性疾病，名叫多囊肾。患多囊肾病时，两侧肾脏都会发生许多大小不同的囊肿。多囊肾病通常不具破坏性，不会造成严重的问题。
单一囊肿没有症状，只有在它变得很大，引起腰背部疼痛时，才会有症状出现。发生单一囊肿时，有时你可用手指摸到腹部有一个软块。多囊肾病偶尔会引起血尿（尿中带血），或肾盂肾炎反复发作。在大多数情况下，多囊肾病是没有症状的，除非囊肿终于取代了太多的肾组织，引发慢性肾衰竭。当此病到了引发慢性肾衰竭的地步时，症状才开始出现。
肾脏囊肿通常都是在由于某种其他原因去做检查时被发现的。许多肾脏囊肿患者并不知道他们有这种疾病。不过，严重的多囊肾疾病极为少见。在美国，约有2％的慢性肾衰竭疾病是肾囊肿所造成。
单一肾囊肿的唯一危害就是可能发展成恶性囊肿，不过这很少发生，多囊肾病可能导致慢性肾衰竭，但这种情形也同样罕见。
