随着对胃粘膜上皮细胞动力学、胃癌前病变、微小胃癌以及各种形态胃癌细胞的深入研究，使人们对过去的一些有关胃癌组织发生的学说产生了质疑，也许胃癌的组织起源细胞并不那么复杂，可能都起源于一种细胞一胃腺颈部的原始干细胞。由于原始干细胞具有多向分化的潜能，在加之致癌因素及癌变过程的多样化，而使得最终发生的胃癌呈现了多种多样的形态差异和不同生物学行为。
综合各种资料和研究结果，认为在各种类型胃癌的组织发生上，用胃腺颈部干细胞起源来解释比较合理。干细胞包括两种，即原始干细胞和定向干细胞，癌变过程既可能起始于原始干细胞，也可能起始于定向干细胞。具体过程为：胃腺颈部原始干细胞，当受到致癌因素或促癌因素的作用后，由于基因结构发生改变或基因表达失控，从而引起原始干细胞的增殖和分化。
因癌变是一个渐进的由量变到质变的过程，所以干细胞在癌变过程中的不同阶段呈现出不同的分形态，即干细胞一癌前病变一癌。癌前病变双因研究手段和方法的限制，有些已被人们所认识，有些还未被认识。由于胃腺部原始干细胞具有多向分化的潜能，在癌变过程中仍然保留一定的分化能力，可边癌变边分化;它既可向肠定向干细胞方面分化，发展为肠型胃癌，也可以向胃定向干细胞方面分化，发展为混合型胃癌。
如果原始干细胞在癌变过程中不再进一步分化或仅部分分化，则在形态和功能上均缺乏胃型和肠型之分化特征，即形成未分化癌或低分化癌，但它们在一定的微环境影响下，仍然可继续分化，原发灶内为未分化癌或低分化癌，而转移灶内为分化较高癌的情况并非少见。
1.癌变也可发生在定向干细胞阶段。胃固有膜的胃定向干细胞发生癌变，可发展为胃小凹细胞癌、颈粘液细胞癌;同样，肠化粘膜中的肠定向干细胞癌变，可发展为吸收细胞癌、杯状细胞癌、嗜银细胞癌及潘氏细胞癌。
