MRI检查具有早期诊断价值。和CT相比，MRI检测骨质硬化、侵蚀等的敏感性和特异性进一步提高，如用对比增强剂二乙二胺五醋酸钆(Gd-DTPA)增强的动态MRI(DMRI)检查，可发现骶髂关节软骨下骨板1mm的侵蚀，还能检测出关节囊、关节旁骨髓炎症等早期骶髂关节炎表现，所以MRI已成为目前临床早期骶髂关节炎诊断及随访的最佳影像学手段。
MRI骶髂关节的关节区表现为“三层”结构不同程度的破坏。软骨线影增粗、扭曲，皮质中断、凹陷，而且二者的部位往往是一致的。关节旁部分脂肪沉积呈大片状，有别于正常的小条片状。关节旁水肿位于关节周围的髓腔内，以髂骨侧略多见。MR动态增强与其炎症活动程度的临床表现相一致。
MRI与CT比较：
(1) 对关节骨质的显示：由于MR上骨皮质呈不显眼的低信号，MR的空间分辨力又明显较CT差，故在观察皮质侵蚀、缺损方面的敏感性不如CT，CT能满足对骶髂关节炎分级；
(2) 骶髂关节旁骨质(髓)改变：CT仅可显示关节旁骨质硬化，且可能较MR敏感。但MRI可显示CT所不能显示的关节旁骨髓脂肪沉积和骨髓水肿。骨髓水肿的意义尤为大，间接反映了炎症的存在和活动。此外，大面积的脂肪沉积可能与骶髂关节炎的修复有关；
(3) MR增强：由于骨质的密度很高，CT难于显示增强后的变化。MR增强，尤其是动态增强能较直接反映了炎症的存在和活动，有利于骶髂关节炎真正意义上的早期诊断。
