根据病史体征及Ｘ线表现，一般腰椎间盘突出的诊断不难。尤其通过造影或CT、MRI检查确诊率相当高。但应与下列疾病相鉴别。
1、腰椎结核：可以产生腰痛及下肢痛，X线片在早期表现为椎间隙狭窄，有时会与腰椎间盘突出症相混。一般腰椎结核在青少年较多，常有低热、血沉增快，有时可扪及冷脓肿，病程进展后可见骨质破坏。
2、腰椎肿瘤：包括原发性及继发性的，一般均有骨质破坏，同位素检查等可以区分。
3、马尾肿瘤：必须鉴别，因两病有时会互相混淆。但马尾肿瘤常无明显腰痛，症状进行性加重（非间歇性），夜间痛突出，卧床休息症状反而加重。马鞍区感觉有减退及排尿困难，脑脊液蛋白增高等。脊髓造影可以明确诊断，MRI亦有很高的分辨力。
4、椎弓根崩裂及脊椎滑脱症，一般Ｘ线平片即可区分，但有时两种病可以同时存在。
5、腰椎椎管狭窄症：有时腰椎间盘突出症就是椎管狭窄的原因，但真正的腰椎椎管狭窄症不应包括腰椎间盘突出症（见腰椎椎管狭窄章）。对于坐骨神经痛表现为主的椎管狭窄症，两者较难区别，但可以通过平片上的椎管测量，脊髓造影以及CT或MRI等了解到椎管的矢状径及横径。
6、强直性脊柱炎：病变为进行性，早期可有腰痛坐骨神经痛。但开始常在双侧骶髂关节，血沉快，病情发展后可见小关节突模糊或融合。后期脊柱有竹节样变。
7、椎间盘炎：多发生于儿童，成人少见，成人发病常有手术史，有全身性炎症表现，Ｘ线片在早期表现为椎间隙狭窄，但以后可见两椎体相对边缘增宽，最后椎体融合。
